Histoire
Après la prétendue disparition des similis, la paix est revenue dans les mondes qui sont de nouveaux séparés. Sora et ses amis sont retournés pour vivre sur l’île du destin. Les autres ont rejoint leurs Univers respectifs pour vivre leurs vies plus ou moins tranquilles.

Alors que tout le monde avait l’air de vivre heureux à la lumière, quelque chose se passa dans le néant.

Sora et Riku avaient tort, les similis sont bien éternels même s’ils peuvent disparaître un certain temps. Ils réapparaissent toujours tant que les sans-cœurs existeront, donc tant que la part des ténèbres dans chaque cœur coexistera avec celle de lumière.
C’est discrètement et dans l’ombre que l’organisation XIII réapparu.

En n’ayant pas connaissance de cela, Sora décide de partir en voyage pour tenter de se défouler et surtout pour comprendre l’étrange sentiment qu’il ressent dorénavant pour Riku et non Kairi.
C’est dans son voyage solitaire que le jeune garçon remarque que les mondes sont de nouveaux liés. Une porte forcée ne peut aussi bien se fermer, même avec une bonne clef.

Voulant comprendre ce qu’il se passe, Sora décide de se rendre à la cité du crépuscule guidé par son instinct. Arrivé là-bas, une sensation étrange se produit en lui et le jeune garçon tombe à genoux au sol en sentant quelque chose s’extraire de son corps. Puis, plusieurs secondes plus tard, il se retrouve face à son double, Roxas.

Les deux jeunes garçons, autant étonnés l’un que l’autre, cherchèrent à comprendre se phénomène pour pouvoir enfin se séparer. L’un, attiré par l’appel des similis et l’autre, par la soif de découvrir ce qu’il se passe dans les autres mondes l’entourant.
Pendant ce temps, Naminé se sépare Kairi et Riku part à la recherche de Sora, une nouvelle fois, en comprenant que les similis sont de retour.

L’organisation XIII se reconstruit petit à petit, mais quelque chose de différent est maintenant en eux. Ils n’ont, certes toujours pas de cœur, mais maintenant quelques rares sentiments apparaissent en eux comme si leurs cœurs se renouvelaient d’eux-mêmes.
Animé par la soif de vengeance, ils veulent retrouver la bande de Sora pour leur faire regretter, d’une manière peu orthodoxe, l’affront qu’ils leurs ont fait en tentant de les détruire.

Ne voulant plus les tuer, les similis désirent maintenant en faire leurs futurs esclaves, lorsqu’ils se seront emparés des mondes. Pour le moment, ils restent cachés à illusiopolice en attendant de récupérer toutes leurs forces.

Nouvelle intrigue.

Alors que l'Organisation renaît, et que les maîtres de la Keyblade vivent encore de façon paisible, un étrange individu à fait son apparition dans les mondes... Il porte la même tenue quels les membres de l'Organisation XIII mais ne semble pas en faire parti... Il voyage de monde en monde à la recherche de quelque chose... Mais quoi ?

Seulement, ce mystérieux individu n'est pas seul... Il est à la tête de créatures étranges et inconnues à ce jour... Ces créatures portent le nom de Sabishii qui sont des créatures formées par des amas de souvenirs égarés... Elles obéissent à des pulsions que le mystérieux individu arrive à exploiter pour mieux les contrôler...

On pourrait croire que ce mystérieux personnage est faible sans ses créatures mais non... Car, cet individu possède d'étranges pouvoirs aux dimensions énormes ! Sa faculté élémentaire ? Une maîtrise parfaite et totale du Temps... Rien jusqu'à aujourd'hui ne lui fait de l'ombre...

Avec ses immenses pouvoirs, personne n'a pu le vaincre à ce jour.... Personne ne peut. La situation est désespérée... Tellement qu'elle aboutie à une alliance inattendue : celle de l'Organisation et de la faction de la Lumière...

Peuvent-ils réussir à mettre leurs rivalités de côté ? Qui est cet individu ? Que veut-il ? Quel est le secret des Sabishii ? Nos héros vont-ils réussir à sauver une nouvelle fois les mondes ?